1. えきねっとで指定席を申込む（その際に乗車券は申し込まない）。
　　（無割引の購入予定代金が表示される）

2. 指定席用の「おトクなきっぷ」を用意して、自動券売機へ。

　　
　　a) えきねっと予約の受取り」ボタン（緑色）を押す。

　　
　　b) 申込み時のクレジットカードを挿入して、受け取る予約を選ぶ。

　　
　　c) 「回数券等を利用する」ボタンを押して、おトクなきっぷを挿入する。

　　
　　d) 「確認」ボタンを押すと発券される。

おトクなきっぷ・JR東日本株主優待割引をご利用の場合

「お先にトクだ値」が売り切れだったり設定がなかった場合には、無割引で特急券だけ申し込んで、上記の手順で新幹線回数券やあずさ回数券を使うのが良さそうな感じ。

ただし、以下の点に注意です。
１）受取しなければ、クレカに通常の特急料金が請求される
２）回数券と同区間で申し込まないと指定席券売機では受取できない
３）受取前に払戻をネット上で実施すると払戻手数料がクレカに請求される（使わない場合は、一旦受取してから窓口で取消できる）
４）トクだ値で申込みしたものを回数券で受取りできない
５）JR東日本列車なら受取前なら何度も変更可能、JR東以外ならネット変更は１回だけ、２回目以降は一旦受取してから窓口で変更可能。

https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q11109867866

1. えきねっとで予約した切符を「グリーン車利用券を使用して購入する」と伝える
2. 席無指定席券とグリーン指のみ券が発券される

VIEWカード・グリーン車利用券を利用してみました

特急料金を含んだ他の割引きっぷ（指定席特急回数券、往復割引きっぷ、大人の休日倶楽部会員パスなど）や新幹線定期券、旅行商品との併用は不可 — ということは、えきねっとの「トクだ値」「お先にトクだ値」は使えないってことか。